ลองใช้ Dolphin 3.0 เวอร์ชันล่าสุดดูน่ะครับ
http://dolphin-emulator.com/download.html?rev=8878ae5fc379dce0f47ee46c380b9f2fcbbd78b7&arch=win32

คาดว่าปัญหาน่าจะมาจากไฟล์บางตัวหายไป ถ้าใช้เวอร์ชันใหม่แล้วยังไม่หายให้ติดต่อกลับมาน่ะครับ